Behzat'ın eski eşiyle yaşadığı problemler kızına karşı ilgisiz kalmasına sebep olur. Bir süre sonra kızı intihar eder. Behzat, bu olaydan olumsuz şekilde etkilenir. Behzat Ç. ve ekibi, birinci sezon boyunca bir yandan Behzat'ın kızının ölümüyle ilgili olabilecek kişilerle ilişki kurarken, bir yandan da her bir bölümde yaşanan farklı cinayetlerin çözümüyle uğraşırlar.

Ercüment Çözer, sözünde durarak kızının katilini Behzat Ç.’ye teslim etmiş ama bu durum Behzat Ç.’de yeni yaralar açmıştır. Kızı Berna’nın katili, bugüne kadar varlığından bihaber olduğu diğer kızı Şule’dir. Bu yıkım yetmezmiş gibi, Ercüment Çözer, Behzat Ç.’ye büyük bir tuzak kurmuş ve hapse girmesine neden olmuştur. Bu durum ünlü polisimizin umurunda olmasa da cinayet büro elemanları, Savcı Esra ve Şevket canla başla Behzat Ç.’yi hapishaneden kurtarmak için çalışmaktadır. Cinayet Büro elemanları, Behzat Ç.’nin yerine geçici olarak atanan Tekin'le beraber bir yandan işlenen cinayetleri çözmeye çabalarken, diğer yandan Behzat Ç.’yi temize çıkaracak ipuçlarının peşine düşecektir.

Behzat Ç. bu sezonda hayatındaki radikal değişmeleri anlatmaktadır. Karısı Esra'nın öldürülmesinden sonra Ercüment Çözer'i sorumlu tutar. Mesleğine ara verip sivil kimliği ile Esra'nın katilini aramaya başlar. Karşısına operasyonda olduğunu söyleyen ve Eylül adında sahte bir isim kullanan Zeynep Fidan çıkar. Kendisini narkotik komiseri olarak tanıtan bu gizemli kadın Behzat'a yardım etmeye çalışır. Ayrıca Behzat'a bu konuda annesine çalışan Bahri de yardım eder.

Behzat Ç.'den sonraki cinayet büro ekibinin memurlarının başlarına türlü işler gelir ve ekibin memurları tek tek cinayete kurban gitmeye başlar. Bu olaylar sırasında Behzat kendi başına sıradan bir hayat yaşamaya başlar ve ruh sağlığı da iyice bozulmuştur. Faili meçhul bir cinayete kurban giden karısı Esra'nın halüsinasyonları ile uğraşan Behzat, Ercüment Çözer ve Memduh Başgan'ın sunacağı bir teklif ile sahalara dönecektir.